Transformasi menjadi universitas merupakan strategi pengembangan kampus yang dipilih Pimpinan STMIK Muhammadiyah Jakarta dengan empat pertimbangan, yaitu pertama, di wilayah DKI Jakarta nama Sekolah Tinggi dan Akademi tidak lagi “marketable” seperti awal tahun 1990-an ketika STMIK Muhammadiyah Jakarta didirikan. Kedua, belum ada Perguruan Tinggi Muhammadiyah/ Aisyiyah (PTMA) berbentuk universitas di Indonesia yang fokus pada bidang teknologi informasi dan rekayasa digital, mayoritas PTMA memfokuskan diri pada bidang pemikiran, seperti pendidikan, agama, ekonomi, hukum, sosial dan politik, sebagaimana diungkapkan Azyumardi Azra di hadapan Pimpinan STMIK Muhammadiyah Jakarta. Ketiga, secara lebih luas, PTMA dimaksud belum dimiliki organisasi keagamaan Islam yang kurikulumnya didesain dengan mengintegrasi-interkoneksikan interdisiplin. Meskipun, spirit dasar pengelolaan perguruan tinggi berbasis agama, namun tata kelola menggunakan prinsip-prinsip keterbukaan (inklusif), good university governance, dan humanis. Keempat, dipilihnya bergabung dengan Akbid Jayakarta Sehat merupakan langkah taktis mengikuti program Pemerintah khususnya Kementerian Pendidikan dan Budaya, Riset dan Teknologi RI. yang memberikan insentif bagi perguruan tinggi yang melakukan penggabungan atau penyatuan perguruan tingginya (Akselerasi Program Penggabungan atau Penyatuan Perguruan Tinggi Swasta Gelombang I Tahun 2021).

Setelah melalui beberapa proses panjang, akhirnya STMIK Muhammadiyah Jakarta menemukan mitra Perguruan Tinggi Swasta yang memiliki pandangan sama untuk berubah bentuk, yaitu Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat (berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI., Nomor 194/D/O/2008, tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Kebidanan (DIII) Dan Pendirian Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat Di Jakarta Diselenggarakan Oleh Yayasan Jayakarta Sehat Jakarta Di Jakarta, tertanggal 9 September 2008), yang beralamat sama di Kelapa Dua Wetan, Ciracas, Jakarta Timur. Dengan adanya kesamaan visi dan tujuan untuk berkembang antara STMIK Muhammadiyah Jakarta dan Akademi Kebidanan Jayakarta Sehat bermaksud untuk melakukan perubahan bentuk perguruan tinggi dengan penggabungan 2 (dua) Perguruan Tinggi tersebut menjadi Universitas Saintek Muhammadiyah, pada tanggal 29 Juni 2021. Tujuan penggabungan ini adalah untuk meningkatkan efisiensi dan efektifitas pengelolaan dan meningkatkan mutu serta kesehatan perguruan tinggi Muhammadiyah di DKI Jakarta.